مناطق آزاد، قلمرو خارج از قلمرو گمرکی قلمداد می?شود و خروج هرگونه کالایی از آنها، حسب قانون از طریق گمرک مستقر در خروجی مناطق آزاد انجام می?شود. ازاین?رو، خروج کالا از مناطق آزاد ذیل گمرک به?عنوان مسئول اصلی است. مناطق آزاد نیز به?عنوان مبادی رسمی ورود کالا بوده که حسب درخواست و بررسی?های قانونی اجازه ورود و عرضه به متقاضیان در داخل منطقه انجام می?شود و خروج و ترخیص کالا?ها چه به صورت تجاری و چه به صورت مسافری از درهای گمرک مستقر در درِ خروجی مناطق انجام می?شود. حسب ماده یک مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد ورود هر نوع کالا به هریک از مناطق آزاد منهای ممنوعه شرعی و قانونی یا براساس مقررات ویژه منطقه مجاز است. از مجموع مجاز واردات کالاهای تجاری از طریق مناطق آزاد به سرزمین اصلی، سالانه سه ?میلیارد دلار سهم مجموع مناطق آزاد هفت?گانه است و بیش از ٧٥ درصد درآمد حاصل از آن نیز صرف امور عمرانی و زیرساختی مناطق می?شود. همچنین براساس تبصره دو ماده ١٧ قانون مقررات صادرات و واردات مصوبه سال ١٣٧٢ و ماده ٣١ آیین?نامه اجرائی آن، مسافرانی که از مناطق آزاد تجاری- صنعتی به کشور وارد می?شوند، به?مثابه مسافران خارج از کشور بوده و می?توانند کالا به ارزش حداکثر ٨٠ دلار با معافیت از پرداخت حقوق گمرکی و سود بازرگانی و مازاد بر ارزش مذکور را با پرداخت حقوق گمرکی و دو برابر سود بازرگانی وارد و ترخیص کنند. از این اقلام که فهرست آن هرساله از سوی وزارت صنعت، معدن و تجارت تهیه می?شود، ترخیص کالاهای حجیم مسافری شامل یخچال، یخچال?فریزر، تلویزیون رنگی، ماشین لباسشویی و رادیوضبط غیرپرتابل از مناطق آزاد ممنوع شده است. لازم به توضیح است مجموع واردات کالا به صورت مسافری نیز برای مناطق آزاد هفت?گانه، جمعا ٣٦٠ ?میلیون دلار است که مسافران و گردشگران با سفر به این مناطق ضمن بازدید از جاذبه?های مناطق با خرید کارت سبز گمرکی نسبت به ترخیص کالای خریداری?شده خود از طریق گمرک مستقر در درِ خروج مناطق آزاد ایران اقدام می?کنند.  
به علاوه دوران تجارت چمدانی مدت?هاست که از مناطق آزاد رخت بربسته است و اینکه رئیس گمرک اظهار کرده که آیا واقعا با ٨٠ دلار یک مسافر می?تواند مسافرت خارجی داشته باشد که چنین سقفی را برای او در نظر می?گیرند، از آن مسائلی است که به گمرک مربوط است و مناطق آزاد هیچ نقشی در تعیین میزان آن ندارند. نوع دیگر واردات از مناطق آزاد، مربوط به ماشین?آلات، مواد اولیه و قطعات واسطه است. این نوع واردات مختص صنایع و واحد?های تولیدی مناطق آزاد است و بدون اخذ عوارض و حقوق ورودی، وارد محدوده مناطق و برای مصرف به این واحد?ها منتقل می?شوند. ضمن اینکه محصولات حاصل از تولید صنایع مستقر در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی مشمول بهره?مندی از مزیت?های قانون ارزش??افزوده?اند و براساس درصد تعیین?شده در کمیسیون ارزش?افزوده که متشکل از نمایندگان سازمان?های مختلف از جمله گمرک ایران است، از گمرک منطقه خارج می?شود. بنابراین موضوع قاچاق کالا از مناطق آزاد منتفی بوده و اصرار بر آن نشانه ضعف و فرافکنی سازمان?های متولی از جمله گمرک و نیروی انتظامی است که باید وظایف خود را بیش?ازپیش به?درستی انجام دهند. ضمنا آمار کالاهای وارده به مناطق آزاد حسب ماده سه مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد ماهانه برای ثبت آماری گمرکی به وزارت صنعت، معدن و تجارت، بانک مرکزی، گمرک ایران، دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه و نماینده سازمان منطقه آزاد ارسال می?شود.
به علاوه افزایش مناطق آزاد در راستای سازماندهی به موضوع قاچاق در مبادی خروجی است که متولیان امر ضعف?های خود را با فرافکنی می?خواهند به گردن مناطق آزاد یا طرح افزایش مناطق آزاد در نواحی مرزی برای تجاری?سازی فرصت?های اقتصادی ایران با کشورهای همسایه بيندازد. نمایندگان مجلس دراین?باره باید به?هوش باشند تا فرصت پیش?آمده برای توسعه مناطق مرزی از طریق مناطق آزاد از کف نرود.