مناطق آزاد، قلمرو خارج از قلمرو گمرکی قلمداد می‌شود و خروج هرگونه کالایی از آنها، حسب قانون از طریق گمرک مستقر در خروجی مناطق آزاد انجام می‌شود. ازاین‌رو، خروج کالا از مناطق آزاد ذیل گمرک به‌عنوان مسئول اصلی است. مناطق آزاد نیز به‌عنوان مبادی رسمی ورود کالا بوده که حسب درخواست و بررسی‌های قانونی اجازه ورود و عرضه به متقاضیان در داخل منطقه انجام می‌شود و خروج و ترخیص کالا‌ها چه به صورت تجاری و چه به صورت مسافری از درهای گمرک مستقر در درِ خروجی مناطق انجام می‌شود. حسب ماده یک مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد ورود هر نوع کالا به هریک از مناطق آزاد منهای ممنوعه شرعی و قانونی یا براساس مقررات ویژه منطقه مجاز است. از مجموع مجاز واردات کالاهای تجاری از طریق مناطق آزاد به سرزمین اصلی، سالانه سه ‌میلیارد دلار سهم مجموع مناطق آزاد هفت‌گانه است و بیش از ٧٥ درصد درآمد حاصل از آن نیز صرف امور عمرانی و زیرساختی مناطق می‌شود. همچنین براساس تبصره دو ماده ١٧ قانون مقررات صادرات و واردات مصوبه سال ١٣٧٢ و ماده ٣١ آیین‌نامه اجرائی آن، مسافرانی که از مناطق آزاد تجاری- صنعتی به کشور وارد می‌شوند، به‌مثابه مسافران خارج از کشور بوده و می‌توانند کالا به ارزش حداکثر ٨٠ دلار با معافیت از پرداخت حقوق گمرکی و سود بازرگانی و مازاد بر ارزش مذکور را با پرداخت حقوق گمرکی و دو برابر سود بازرگانی وارد و ترخیص کنند. از این اقلام که فهرست آن هرساله از سوی وزارت صنعت، معدن و تجارت تهیه می‌شود، ترخیص کالاهای حجیم مسافری شامل یخچال، یخچال‌فریزر، تلویزیون رنگی، ماشین لباسشویی و رادیوضبط غیرپرتابل از مناطق آزاد ممنوع شده است. لازم به توضیح است مجموع واردات کالا به صورت مسافری نیز برای مناطق آزاد هفت‌گانه، جمعا ٣٦٠ ‌میلیون دلار است که مسافران و گردشگران با سفر به این مناطق ضمن بازدید از جاذبه‌های مناطق با خرید کارت سبز گمرکی نسبت به ترخیص کالای خریداری‌شده خود از طریق گمرک مستقر در درِ خروج مناطق آزاد ایران اقدام می‌کنند.  
به علاوه دوران تجارت چمدانی مدت‌هاست که از مناطق آزاد رخت بربسته است و اینکه رئیس گمرک اظهار کرده که آیا واقعا با ٨٠ دلار یک مسافر می‌تواند مسافرت خارجی داشته باشد که چنین سقفی را برای او در نظر می‌گیرند، از آن مسائلی است که به گمرک مربوط است و مناطق آزاد هیچ نقشی در تعیین میزان آن ندارند. نوع دیگر واردات از مناطق آزاد، مربوط به ماشین‌آلات، مواد اولیه و قطعات واسطه است. این نوع واردات مختص صنایع و واحد‌های تولیدی مناطق آزاد است و بدون اخذ عوارض و حقوق ورودی، وارد محدوده مناطق و برای مصرف به این واحد‌ها منتقل می‌شوند. ضمن اینکه محصولات حاصل از تولید صنایع مستقر در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی مشمول بهره‌مندی از مزیت‌های قانون ارزش‌‌افزوده‌اند و براساس درصد تعیین‌شده در کمیسیون ارزش‌افزوده که متشکل از نمایندگان سازمان‌های مختلف از جمله گمرک ایران است، از گمرک منطقه خارج می‌شود. بنابراین موضوع قاچاق کالا از مناطق آزاد منتفی بوده و اصرار بر آن نشانه ضعف و فرافکنی سازمان‌های متولی از جمله گمرک و نیروی انتظامی است که باید وظایف خود را بیش‌ازپیش به‌درستی انجام دهند. ضمنا آمار کالاهای وارده به مناطق آزاد حسب ماده سه مقررات صادرات، واردات و امور گمرکی مناطق آزاد ماهانه برای ثبت آماری گمرکی به وزارت صنعت، معدن و تجارت، بانک مرکزی، گمرک ایران، دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه و نماینده سازمان منطقه آزاد ارسال می‌شود.
به علاوه افزایش مناطق آزاد در راستای سازماندهی به موضوع قاچاق در مبادی خروجی است که متولیان امر ضعف‌های خود را با فرافکنی می‌خواهند به گردن مناطق آزاد یا طرح افزایش مناطق آزاد در نواحی مرزی برای تجاری‌سازی فرصت‌های اقتصادی ایران با کشورهای همسایه بيندازد. نمایندگان مجلس دراین‌باره باید به‌هوش باشند تا فرصت پیش‌آمده برای توسعه مناطق مرزی از طریق مناطق آزاد از کف نرود.