بسیاری از آلاینده‌های سمی که بر صخره‌های مرجانی تاثیر می‌گذارند، وجود دارند که از جمله آن‌ها می‌توان به نفت اشاره کرد که از جمله گسترده‌ترین آلاینده‌های جهان است، به‌طوری که حوادث نشت نفت در بسیاری از مناطق مرجانی رو به افزایش است. احتمال دارد آلودگی نفتی مستمر از طریق حوادث نشت نفت در حجم‌های کم و یا تخلیه عمدی نفت در دریا‌ها به وجود آید.

ابتکار بین‌المللی صخره‌ های مرجانی (ICRI) اعلام کرد که سرمایه‌گذاری عمومی و خصوصی را برای حمایت و کمک به حفظ و احیای اکوسیستم‌های مرجانی که یک چهارم گونه‌های دریایی جهان و بیش از یک میلیارد نفر را حفظ می‌کنند، تضمین می‌کند.